1.睑内翻及倒睫：在沙眼的后期病变可侵及睑板因瘢痕组织收缩而变短，加之睑结膜特别是睑板上沟部位因瘢痕而收缩，遂使睑板向内弯曲如舟状形成典型的睑内翻倒睫倒睫，亦可单独发生。由于毛囊附近受病变侵犯后产生的瘢痕所致，倒睫的长期刺激可使角膜浅层呈现弥漫性点状浸润继而上皮剥脱，形成溃疡称沙眼性角膜炎或沙眼性角膜溃疡。此时病人有异物感、怕光、流泪、疼痛及视力模糊等症状，应及时作内翻矫正及电解倒睫术以免造成严重的损伤。
2.沙眼性角膜溃疡：在血管翳的末端有灰白色点状浸润，一旦破溃即形成浅层溃疡。这些溃疡可以互相融合，形成小沟状溃疡。这种由沙眼血管翳所引起的溃疡与倒睫所引起者均称为沙眼性角膜溃疡。前者以用药物治疗为主，后者应做手术矫正睑内翻倒睫。
3.上睑下垂：由于上睑结膜及睑板组织增生肥厚使上睑重量增加；同时病变侵及苗勒氏肌和提上睑肌使提睑功能减弱，因而发生上睑下垂治疗仍以沙眼为主。
4.沙眼性眼干燥症：由于结膜表面瘢痕化将结膜的付泪腺及杯状细胞完全破坏，泪腺排泄管在上穹窿部的开口也被封闭，粘液和泪液完全消失，结膜及角膜变干燥严重时结膜角膜呈弥漫性实质性混浊上皮角化肥厚形似皮肤视力极度降低，此时应点鱼肝油或人工泪液(含有甲基纤维素methylcellutose)以减轻结膜角膜干燥或行泪小点封闭术以减少泪液的流出。
5.泪道阻塞及慢性泪囊炎：沙眼衣原体侵犯粘膜可引起泪小管阻塞或鼻泪管阻塞进而形成慢性泪囊炎。
