沙眼衣原体主要侵犯睑结膜，可有充血及血管模糊、乳头肥大、滤泡增生、角膜血管翳、以瘢痕形成而告终。根据这些临床表现我国一般把沙眼分为三个时期。
Ⅰ期（进行期）
即活动期，乳头和滤泡同时并存，上穹隆结膜组织模糊不清，有角膜血管翳。
Ⅱ期（退行期）
自瘢痕开始出现至大部分变为瘢痕，仅残留少许活动性病变为止。
Ⅲ期（完全结瘢期）
活动性病变完全消失，代之以瘢痕，无传染性。其分级的标准：根据活动性病变占上睑结膜总面积的多少，分为轻（+），中（++），重（+++）二级，占1/3面积以下者为（+），占1/3～2/3者为（++），占2/3以上者为（+++）。
